home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00521 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  41 lines
  1. ****************************************************************
  2. * Respiratory-chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature *
  3. ****************************************************************
  4.  
  5. Respiratory-chain NADH dehydrogenase (EC 1.6.5.3) [1,2] (also known as complex
  6. I  or  NADH-ubiquinone  oxidoreductase) is  an  oligomeric  enzymatic  complex
  7. located in  the  inner mitochondrial membrane  which  also  seems  to exist in
  8. the chloroplast and in cyanobacteria (as a NADH-plastoquinone oxidoreductase).
  9. Among the 25 to 30 polypeptide  subunits  of  this bioenergetic enzyme complex
  10. there is one with a molecular weight of 49 Kd (in mammals), which is the third
  11. largest subunit of  complex I  and  is a  component  of  the  iron-sulfur (IP)
  12. fragment of the enzyme. It seems to bind a 4Fe-4S iron-sulfur cluster.  The 49
  13. Kd subunit has been found to be:
  14.  
  15.  - Nuclear encoded, as a precursor form with a transit peptide in mammals, and
  16.    in Neurospora crassa.
  17.  - Mitochondrial encoded in protozoan such as Paramecium (ORF 400), Leishmania
  18.    and Trypanosoma (MURF 3).
  19.  - Chloroplast encoded in various higher plants (ORF 392).
  20.  
  21. The 49 Kd subunit is also highly similar to [3]:
  22.  
  23.  - Subunit D of Escherichia coli NADH-ubiquinone oxidoreductase (gene nuoD).
  24.  - Subunit NQO4 of Paracoccus denitrificans NADH-ubiquinone oxidoreductase.
  25.  - Subunit 5 of Escherichia coli formate hydrogenlyase (gene hycE).
  26.  
  27. As as signature pattern we selected a highly  conserved region, located in the
  28. N-terminal section of this subunit.
  29.  
  30. -Consensus pattern: [LIVMH]-H-R-G-x-E-K-[LIVM]-x-E-x-[KRQ]
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  34.  
  35. [ 1] Ragan C.I.
  36.      Curr. Top. Bioenerg. 15:1-36(1987).
  37. [ 2] Weiss H., Friedrich T., Hofhaus G., Preis D.
  38.      Eur. J. Biochem. 197:563-576(1991).
  39. [ 3] Weidner U., Geier S., Ptock A., Friedrich T., Leif H., Weiss H.
  40.      J. Mol. Biol. 233:109-122(1993).
  41.